1453 tarihinde İstanbul’un fethinden 8 yıl sonra 1461’de Fatih Sultan Mehmet Han, Bursa dini lideri Hovagim Yepiskopos’u İstanbul’a davet ederek kendisine özel bir fermanla Osmanlı Ermenileri Patriği ünvanını vermiş;özel bir törenle de Hovagim Yepiskopos’a halen Patriklik sembolü olan asayı takdim etmiş ve bir takım haklar ve imtiyazlar bahşetmiştir.
Böylece Patrik Hazretleri Hovagim İlk kez Samatya’da Ermeni Patrikhanesini kurmuş; dolayısıyla Samatya semti İstanbul Ermenileri tarihinde ilk sıradaki yerini almıştır. Surp Kevork Kilisesi ilk patrikhane olma ayrıcalığına ve Samatya semti de Anadolu Ermenilerinin beşiği olma özelliğine sahip olmuştur.
Patrik Hovagim, Patrikhane’nin yerleşmesinden sonra kilise bahçesine 1461 yılında İstanbul Ermenilerinin ilk okulu olan Sahakyan ‘ı kurmuştur. Bu tarihten itibaren Medrese olarak kurulan Sahakyan bir eğitim-öğretim yuvası olarak hizmete başlamış; kuruluşundan itibaren gelişerek oldukça önemli başarılar elde etmiş ve zamanla yüksek bir seviyeye ulaşarak cemaat içerisinde bir yerleşmiştir.
1789’da Dönemin Padişahı III.Sultan Selim’in fermanıyla Ermenilere verilen okul açma izninden sonra Sahakyan Okulu erkek öğrencilere hizmet veren bir eğitim yuvası olarak hizmetine devam etmiştir.
1831 yılında Sahakyan Okulu bünyesinde Nunyan Kız Okulu açılmıştır.
Sahakyan Okulu, çeşitli tarihlerde meydana gelen yangınlardan dolayı kısmen ya da tamamen zarar görmüş olup birkaç kez onarımdan geçmiştir.Ancak 1866’daki yangında Nunyan Kız Okulu ile birlikte yanmış ve tamamı zarar görmüştür.
Bu yangında S.Kevork Kilisesi de ciddi zararlar almıştır. Bu büyük yangından 6 yıl sonra 1872 yılında daha önce ahşap olan Nunyan Kız Okulu binası semtinileri gelenlerinden gümüşçü Kasbar Haçaduryan tarafından taş bina olarak yeniden inşa edilmiş ve eşinin de ismi ilave edilere Nunyan-Vartuhyan olmuştur. Bu çalışmalardan kısa bir süre sonra vefat eden Kasbar Haçaduryan’ın oğlu Mikael Kasbar Haçaduryan Gümüşçüyan)’ın çabaları ile erkek öğrencilerin devam ettiği Sahakyan Okulu da taş bina olarak yeniden inşa edilerek eğitim -öğretime hazır hale getirilmiştir.
I.Dünya Savaşında 1915-1918 yılları arasında kilise ve okul binaları askeri kışla olarak kullanılmıştır. I.Dünya Savaşından sonra ise Nunyan -Vartuhyan binası bugünkü İlköğretim Anadolu’dan göç eden Ermenilerin barınağı olarak 1923’e kadar kullanıldığından dolayı bu dönemde eğitim-öğretime ara vermiştir.Bu tarihten sonra okul yeniden hizmete başlamıştır. Sahakyan ve Nunyan -Vartuhyan okulları kilise bahçesinde iki ayrı bina olarak eğitimini sürdürmüş ,zaman içerisinde Sahakyan Nunyan karma ilkokuluna dönüşerek hizmete devam etmiştir.1960 yılında ortaokulu,1966 yılında da lisesi açılmıştır. Ülkemizde temel eğitimin 8 yıla çıkarılması ile 1998 yılında İlk ve ortaokul bölümü İlköğretim Okulu olarak eğitim -öğretim hizmetine devam etmiştir.
